Fona yapılan nakdî bağış ve yardımların tamamı, Gelir ve Kurumlar Vergisi Kanunlarınan göre  gelir veya kurumlar vergisi matrahının tespitinde, gelir veya kurumlar vergisi beyannamesi üzerinde ayrıca gösterilmek şartıyla beyan edilen gelirden veya kurum kazancından indirilebilecek. Fona yapılan bağış ve yardımlar veraset ve intikal vergisinden de müstesna olacak.

Fon, kurumlar vergisinden muaftır. Fonun bu Kanunda sayılan görevleriyle ilgili faaliyetlerinden elde ettiği gelirleri dolayısıyla iktisadi işletme oluşmuş sayılmaz. Bu muafiyet, Fonun kazanç ve iratları üzerinden  Gelir Vergisi Kanunu ile  Kurumlar Vergisi Kanunu uyarınca yapılacak vergi kesintilerini de kapsar.

Fon damga vergisi ve harçlardan da muaf tutuldu  Fonun kaynaklarından yararlanıcılara aktarılan tutarlar dolayısıyla bankalar ve finansman şirketleri tarafından tahsil edilen faiz tutarları ile kar payları banka ve sigorta muameleleri vergisinden ve Kaynak Kullanımını Destekleme Fonuna yapılacak kesintilerden müstesnadır.