Fona yapılan nakdî bağış ve yardımların tamamı,  gelir veya kurumlar vergisi matrahının tespitinde, gelir veya kurumlar vergisi beyannamesi üzerinde ayrıca gösterilmek şartıyla beyan edilen gelirden veya kurum kazancından indirilebilecek.

Afet Yeniden İmar Fonunun kendisi de  kurumlar vergisinden muaf olacak. Fonun  görevleriyle ilgili faaliyetlerinden elde ettiği gelirleri dolayısıyla iktisadi işletme oluşmuş sayılmayacak. Bu muafiyet, Fonun kazanç ve iratları üzerinden  Gelir Vergisi Kanunu ile  Kurumlar Vergisi Kanunu uyarınca yapılacak vergi kesintilerini de kapsayacak.

Fonun faaliyetleri dolayısıyla yapılan işlemler ve düzenlenen kağıtlar damga vergisi ve harçlardan, Fona yapılan bağış ve yardımlar veraset ve intikal vergisinden, Fonun faaliyetleri ile ilgili işlemler banka ve sigorta muameleleri vergisinden ve Kaynak Kullanımını Destekleme Fonuna yapılacak kesintilerden müstesna olacak.

Fonun kaynakları;

a) Yurt içi ve yurt dışı kaynaklı her nevi nakdî bağış, yardım, hibe ve kredilerden,

b) Bütçeye bu amaçla konulacak ödenekten,

c) Fon tarafından kurum ve kuruluşların mevzuatındaki her türlü kısıtlamalardan muaf tutularak yurt içi ve yurt dışı sermaye ve para piyasalarından sağlanan finansman ve kaynaklardan,

ç) Diğer gelirlerden,

oluşacak.