KVK’nın 32/A maddesi uyarınca yatırımlardan elde edilen kazançlar, yatırıma katkı tutarına ulaşılıncaya kadar indirimli oranla vergilendirilmektedir. KVK’nın 32/A maddesine ilişkin ilk düzenlemede indirimli oran uygulanması için yatırımın tamamlanıp, yatırımdan kazanç elde edilmeye başlanması öngörülmüşken, daha sonra 6332 sayılı Kanunla yatırım aşamasında da indirimli vergi uygulanmasına imkan tanınmıştır. Bu halde indirimli vergi oranı işletmelerin diğer faaliyetlerinden elde edilen kazançlara uygulanmaktadır.

6322 sayılı Kanunun 39. maddesiyle KVK’nın 32/A maddesinin 2. fıkrasına (c) bendi olarak Bakanlar Kuruluna yetki veren aşağıdaki hüküm eklenmiş, önceden mevcut olan (c) bendi (ç) bendi olarak teselsül ettirilmiştir.

“c) Yatırıma başlanan tarihten itibaren bu maddeye göre hesaplanacak yatırıma katkı tutarına mahsuben, toplam yatırıma katkı tutarının %50’sini ve gerçekleştirilen yatırım harcaması tutarını geçmemek üzere; yatırım döneminde kurumun diğer faaliyetlerinden elde edilen kazançlarına indirimli kurumlar vergisi oranı uygulatmak suretiyle yatırıma katkı tutarını kısmen kullandırmaya, bu oranı her bir il grubu için sıfıra kadar indirmeye veya %80’e kadar artırmaya,”

Yapılan değişiklikle Bakanlar Kuruluna; hem toplam yatırıma katkı tutarının yarısını ve gerçekleştirilen yatırım harcaması tutarını geçmemek şartıyla, yatırıma başlanmasıyla birlikte indirimli vergi oranı uygulamasına başlatma hem de uygulama oranlarını belirleme yetkisi verilmiştir.

Bakanlar Kurulu bu yetkisini 2012/3305 sayılı Bakanlar Kurulu Kararında kullanmış, Kararın 15. maddesinin 5. fıkrasında aşağıdaki düzenleme yapılmıştır:

“(5) Bu maddeye göre hesaplanacak yatırıma katkı tutarına mahsuben, gerçekleştirilen yatırım harcaması tutarını aşmamak ve toplam yatırıma katkı tutarının;

a) Büyük ölçekli yatırımlar ve bölgesel teşvik uygulamaları kapsamındaki yatırımlarda; 2. bölgede yüzde onunu, 3. bölgede yüzde yirmisini, 4. bölgede yüzde otuzunu, 5. bölgede yüzde ellisini ve 6. bölgede yüzde seksenini,

b) Stratejik yatırımlarda; 6. bölgede yüzde seksenini, diğer bölgelerde yüzde ellisini,

geçmemek üzere yatırım döneminde yatırımcının diğer faaliyetlerinden elde edilen kazançlarına indirimli gelir veya kurumlar vergisi uygulanabilir.”

Bakanlar Kurulu, yatırımın tamamlanması beklenmeden indirimli vergi oranı uygulanmasını sağlayan yetkisini kullanırken, bu şekilde yararlanılacak yatırıma katkı tutarının üst sınırını yatırım sınıfları ve yatırımın yapıldığı bölgeler itibarıyla farklılaştırmıştır.

Yatırım tamamlanmadan indirimli vergi uygulaması, yatırıma katkı tutarına mahsuben yapılacaktır. Bir başka ifade ile yatırım aşamasında yatırıma katkı tutarının Bakanlar Kurulunca belirlenen orana isabet eden kısmından, yatırım tamamlandıktan sonra da yatırıma katkı tutarının kalan kısmından yararlanılacaktır.