Ön muafiyetin uygulandığı durumlarda, bir Birlik Yüklenicisi veya Birlik Yüklenicisine mal tedarik eden ve/veya hizmet veren veya iş yapan bir yüklenici KDV'siz fatura keser. Bunun için IPA II yararlanıcısı, KDV'den ön muafiyet için etkin mekanizma ve usullerin önceden oluşturulmuş olmasını sağlar.

Fonun iadesi usulünün uygulanması durumunda, Birlik Yüklenicileri ve Birlik Yüklenicisinin Yüklenicileri, KDV iadesi için Türkiye Cumhuriyeti mevzuatı kapsamında istenen gerekli belgelerle birlikte vergi idaresine yazılı talepte bulunmaları halinde, vergi idaresinden doğrudan KDV iadesi alabilirler.

Birlik Yüklenicisi ve Birlik Yüklenicisinin Yüklenicileri bu Anlaşmada öngörüldüğü şekilde KDV’den muaf olan IPA II yardımı kapsamında tedarik edilen mallar ve/veya verilen hizmetler ve/veya yapılan işlerle ilgili olarak ödenen KDV'yi, IPA II haricinde olan, herhangi bir işlemleri için tahsil edilen KDV'den mahsup etme veya indirme hakkına sahiptir.